الحكم العسكري (1958 - 1964)
لقد فسر الجنوبيون تسليم السلطة للعسكريين بانه عمل قصد به ابعادهم هم عن الحكم، حتى ينفرد الشماليون بتقرير مصير الجنوب، وهو أمر لم يكن صحيحا.. ولم يكن للحكم العسكري رأي محدد في حل مشكلة الجنوب، وقد حاول ان يعمل على نشر الإسلام واللغة العربية في الجنوب.. وقد وجد الحكم العسكري رجال التبشير في الجنوب يقومون بأعمال تهدد وحدة البلاد، الأمر الذي دفعه الي اصدار قرار بإيقاف الجمعيات التبشيرية وطرد المبشرين خارج البلاد وكان ذلك في فبراير 1962، وقد كان لهذه الإجراءات أثرها السيء على مشكلة الجنوب..
وقد تناولت صحافة الغرب طرد المبشرين بالنقد، كما أدان الفاتيكان هذا الاجراء، وهكذا بدأت مشكلة الجنوب تخرج من حدود السودان، وتستحوذ على اهتمام دول، وعناصر خارجية، وخصوصا ان عددا من الجنوبيين تركوا البلاد ولجأوا الي الدول المجاورة التي أخذوا يمارسون نشاطهم السياسي فيها.. وقد وصل الأمر الي حد أن الجنوبيين عرضوا قضيتهم على هيئة الأمم المتحدة في عام 1963 وطالبوا بالاستقلال لجنوب السودان بحجة انهم فشلوا في الوصول الي حكم فدرالي.. كما طلب حزب سانو الذي تكون في 1963 من منظمة الوحدة الأفريقية التدخل لإيجاد حل لمشكلة الجنوب..
وفي داخل البلاد أعقب طرد المبشرين اضطرابات طلابية في الجنوب، كما ظهر في عام 1963 تنظيم الأنانيا في الجنوب والذي لجأ الي العمل العسكري في شكل حرب عصابات.. وقد أدت أعمال الأنانيا، ومحاولات النظام لقمعهم عسكريا، الي قتل الكثيرين، والي فرار الكثيرين أيضا، ولجوئهم الي يوغندا.. وقد قدر عدد اللاجئين السودانيين في يوغندا عام 1964 بأكثر من 12 ألف لاجئ..
ولما كانت الأعمال العسكرية في الجنوب مكلفة، فقد فاقم ذلك من الأزمة الاقتصادية في جميع البلاد، وزاد من عداوة المواطنين في الشمال والجنوب للنظام العسكري الذي استعلن فساده، وفشله، بصورة كبيرة.. وقد كان المواطنون والأحزاب في الشمال مشغولين بالعمل على القضاء على النظام العسكري أكثر من انشغالهم بمشكلة الجنوب. وقد استغلت مشكلة الجنوب، واتجاه النظام لحلها عسكريا، من المعارضة في الشمال ضد النظام، حتى أنه لما قامت ثورة اكتوبر 1964، والتي أطاحت بالنظام العسكري، كانت مشكلة الجنوب من الأسباب المباشرة لقيام هذه الثورة..
